Trung tâm Giáo dục Thể chất được thành lập từ năm 1979 trực thuộc Ban Giám hiệu. Qua nhiều sự thay đổi do cơ cấu tổ chức của nhà trường. Đến Năm 2016 ban Giáo dục Thể chất được có hai bộ môn là Giáo dục thể chất đồng đội và giáo dục thể chất cá nhân trực thuộc Ban giám hiệu Đại học Kinh tế TP. Hồ Chí Minh.
