Chi đoàn cơ quan Phân hiệu Vĩnh Long là 01 chi đoàn trực thuộc Đoàn Thanh niên Phân hiệu, gồm những đoàn viên là giảng viên khối giảng dạy và viên chức, người lao động khối quản lý. Hiện tại, Chi đoàn cơ quan có tất cả 42 đoàn viên, chiếm 40,8% trong tổng số VC-NLĐ Phân hiệu.